【盲点】申告分離課税は適用外！住民税の住宅ローン控除で失敗した話

こんにちは、ひいろです。

マイホームを買うと受けられる住宅ローン控除。
育休中などで所得が少ない年は、「せっかくの控除を使いきれず、もったいない」と感じる方もいるのではないでしょうか。

結論から言うと、FXの利益を確定して控除を取り切ろうとしたのですが、住民税では申告分離課税の利益に住宅ローン控除が使えず、想定外の納付書が届くことになりました。

今回は、ダブルワークやFX収益などで10年以上確定申告してきた私が、住宅ローン控除の「所得税」と「住民税」の違いでつまずいた実体験と、同じ失敗を避けるためのポイントをお伝えします。

なお、住宅ローン控除と確定申告の基本については、確定申告①（初年度の手続き）や確定申告④（副業・投資とあわせて確認したいポイント）でも解説しています。あわせてご覧ください。

今回、思いもよらぬ課税となりとても悔しかったので、同じ失敗をする人が一人でも減れば嬉しいです。

一般に「住宅ローン減税」と呼ばれる制度は、正式には「住宅ローン控除」です。
本記事では「住宅ローン控除」で表記を統一します。

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結論：住宅ローン控除は「所得税」と「住民税」で扱いが違う

先に結論からお伝えします。
住宅ローン控除は所得税と住民税の両方から引けますが、株やFXのような申告分離課税の利益については、所得税は控除の対象でも、住民税は対象外でした。

住民税は申告分離課税（株・FX）に住宅ローン控除が使えない

FXの利益や、源泉徴収を選んでいない株式の譲渡益は、「申告分離課税」という区分になり、給与などとは分けて税額を計算します。
所得税ではこの分離課税の利益にも住宅ローン控除を充てられますが、住民税ではそれができません。

早見表｜所得税はOK・住民税はNG

申告の区分ごとに、住宅ローン控除が使えるかどうかを整理すると次のようになります。

申告区分	主な例	所得税の控除	住民税の控除
総合課税	給与・副業（雑/事業）・暗号資産・ 総合課税を選んだ配当	◯	△（限度額の範囲で対象）
申告分離課税	株式の譲渡益・FX・先物取引	◯	✕（対象外）

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なぜ私は利益確定したのか（当時の判断）

そもそも、なぜ株やFXの利益をわざわざ確定させたのか。
当時の私の考え方を紹介します。

育休中で住宅ローン控除が余りそうだった

育休中は、給与が出ない代わりに、雇用保険から育児休業給付金が支給されます。
この給付金は非課税のため、その年の課税される所得が大きく下がります。
（私の場合は、1年まるまる休業したので、何もしなければ所得0でした）

所得税が少ないと、せっかくの住宅ローン控除も使いきれずに余ってしまいます。
「この控除枠、何かに使えないかな」と考えたのが、そもそものきっかけでした。

育休中の住宅ローン控除や家計管理の考え方は、育休×住宅ローン②（損しない家計管理のポイント）でもまとめています。

スワップ投資の含み益を「よいタイミングで利確」しようとした

当時持っていたのは、デイトレのような短期売買ではなく、スワップポイント（金利差で受け取れる収益）を狙った長期保有のFXポジションでした。
ちょうど運よく含み益が出ていたので、「どうせなら控除が余っているこのタイミングで利確して、スワップも受け取っておこう」と考えたのです。

「所得税＋住民税で約20%、控除で取り切れるはず」と考えた

株やFXの利益にかかる税金は、所得税と住民税を合わせて20.315％です。
「この約20%分、住宅ローン控除でまるごと相殺できるはず」——そう見込んで利益を確定しました。
もうお気づきですね。

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届いた住民税の納付書！何が起きた？

住民税の通知が届く6月、今年は届かないと思って余裕をかましていたのに、納付書が郵便受けに…
所得税と住民税で、何が起きていたのかを分けて説明します。

所得税：住宅ローン控除で課税がゼロに（分離課税分まで吸収できた）

まず所得税の方は、見込みどおりでした。
利益確定で増えた分の所得税も含めて、住宅ローン控除がしっかり効いて、最終的な所得税はゼロに。

確定申告時に、控除によって課税額が減らされて、納付なしとなるのがすぐに見えるので、安心していました。

住民税：控除されず課税（申告分離課税は対象外だった）

問題はこちら、住民税でした。
分離課税の利益にかかる住民税（5%）には、住宅ローン控除がまったく効かず、そのまま課税されてしまったのです。
「ちゃんと確定申告したのに、なぜ?」と、役所の住民税担当に問い合わせて、初めて申告分離課税が対象外であることを知りました。

仕組み：所得税が優先、住民税は総合課税のみ＆控除限度額あり

住宅ローン控除は、まず所得税から引かれます。
そして、所得税で控除仕切れなかった分が、住民税からも引かれるという流れになります。
更に、住民税の住宅ローン控除には限度額があり、「課税総所得金額等 × 5%（上限97,500円）」となっています。
（入居年によっては、もう少し上限が多い場合もあります）

この「課税総所得金額」は、基本的に給与などの総合課税の所得がベースです。
育休中で総合課税の所得はなかったため、全く控除されず。
一方分離課税の利益にかかった住民税は、そもそも控除の枠に入ってこなかった、というわけです。

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結果どうなった？節税効果は半減＋保育料への影響

「税金をかけずに利確できる」と思っていた作戦は、結果的に想定の半分ほどの効果にとどまりました。

基礎控除との兼ね合いで想定外の負担に

2025年（令和7年）は、政府の方針で所得税の基礎控除が大幅にアップしており、所得が少ない人が大きな恩恵を受けられる状態になっていました。
しかし、その基礎控除の底上げは住民税には適用されなかったため、所得税・住民税で課税所得が大きく異なる結果となりやすかったのです。

保育料アップも考えると、ほとんど意味がなかった？

もう一つは、保育料への影響です。
保育料は住民税の額をもとに決まるため、利益確定で住民税が増えると、その後の保育料も上がる可能性があります。
事前に役所に問い合わせ、何の控除が保育料に関係するかを確認した上で、どの程度保育料がアップするかシミュレーションもしました。

ただし、このシミュレーションは、住民税も住宅ローン控除で浮くことを想定したものでしたので、結果的に読みは大きく外れてしまいました。
トータルではほとんど意味がなかったかもしれない——というのが正直な実感です。

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同じ失敗をしないために

私の失敗談をふまえて、同じように「控除を取り切りたい」と考えている方に向けて、押さえておきたいポイントを整理します。

副業など「総合課税」ならOK（暗号資産・総合課税の配当も）

今回NGだったのは、あくまで「申告分離課税」の利益です。
副業（雑所得・事業所得）や暗号資産の利益、総合課税を選んだ配当など、総合課税で申告する所得であれば、住民税の控除の対象になります。
ただし住民税側は限度額があるので、青天井で節税できるわけではない点には注意です。

副業・投資・ふるさと納税と住宅ローン控除の関係は、確定申告④でもう少し詳しくまとめています。

税務署・役所に聞いても盲点だった理由

実は利確の前に、税務署で当年の税制改正のことを聞き、役所で保育料の計算についても確認していました。
それでもこの落とし穴に気づけなかったのは、「分離課税の利益が、住宅ローン控除の住民税部分の対象外になる」という点が、そもそも頭になかったためです。

相談する側の理解もないと、担当の方も一般的な説明にとどまってしまうのだと痛感しました。
質問力、大事…！

節税の前に「所得連動の負担」もシミュレーションを

住民税が増えると、保育料・国民健康保険料（国保）・各種制度の判定など、所得に連動して増える支払いも増えます。
配当も、源泉分離課税ではなく総合課税で申告すると、その分が所得として計算に乗ってきます。
節税できる金額だけを見て判断せず、これらの負担増まで含めて、トータルで損得をシミュレーションしておくのがおすすめです。

心配なら税理士に相談という選択肢

分離課税の利益が大きい年や、投資・副業と住宅ローン控除が重なる年は、判断が複雑になりがちです。
「自分のケースだと損か得か」が読みきれないときは、無料で税理士を探せるサービスを使って、一度プロに相談してみるのも安心です。

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まとめ

住宅ローン控除は、所得税と住民税で「使えるところ」と「使えないところ」があります。
最後に改めて、今回の私の失敗を整理しておきます。

「控除の枠を余らせたらもったいないな」と思って行動した結果でしたが、目先の欲に目が眩み、舌切り雀のお婆さんになったような気分でした（笑）

この体験談が、同じ失敗を避けたい方の参考になれば嬉しいです。

ではまた👋

この記事は、2025年（令和7年）の税制に基づいた、我が家の体験談です。
税制は改正されることがあり、個人の状況によって扱いも変わります。
実際の判断は、必ず税務署や税理士などにご確認ください。

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